Las universidades, catalogadas por algunos como "cajas negras", han sido objeto de un recorte total en las transferencias discrecionales, mientras que diez de ellas están siendo sometidas a una investigación exhaustiva, con la amenaza de posibles intervenciones. Esta medida, que incluye un análisis retrospectivo de los flujos de fondos, busca no solo revisar las cuentas futuras, sino también indagar posibles movimientos inusuales en los meses previos al cambio de gobierno.

La disputa por los fondos es intensa, con un total de presupuesto anual vigente para todas las instituciones que asciende a $717.018 millones, pero con una ejecución promedio del 40% hasta la fecha. Sin embargo, el presupuesto sin discriminar para el conjunto de las universidades es de $638.357 millones, y hasta el momento no se ha realizado ninguna transferencia a estas instituciones fuera de lo establecido individualmente. 

Entre las universidades bajo escrutinio se encuentran la de Hurlingham, Avellaneda, Lomas de Zamora, San Antonio de Areco, Noroeste de Buenos Aires, San Martín, Litoral, Chilecito, la Pedagógica y la Patagonia San Juan Don Bosco, algunas de las cuales habrían recibido más fondos por fuera de lo presupuestado originalmente.